Tahun 1949 Bataafsche Petroleom Maatshapij mendirikan Rumah Sakit di Balikpapan yang bernama Rumah Sakit BPM. Bataafsche Petroleum Maatschappij (BPM) sendiri adalah perusahaan minyak milik Kerajaan Belanda yang beroperasi di Hindia Belanda, termasuk di Balikpapan, anak dari perusahaan Royal Dutch Shell.
Pada tahun 1957 berdirinya PT. Pertambangan Minyak Nasional Indonesia (PT. PERMINA) sebagai perusahaan minyak pertama bersifat nasional berimbas pada diambil alihnya semua perusahaan Belanda di Indonesia termasuk aset-asetnya. Pada tahun 1968 PN Pertamin dan PN Permina merger menjadi PN PERTAMINA.
Pada tanggal 4 April 1987 Rumah Sakit Pertamina Balikpapan diresmikan oleh Direktur Utama PERTAMINA. Rumah Sakit Pertamina Balikpapan (RSPB) didirikan untuk memberikan jasa layanan kesehatan bagi para pekerja dan keluarga Pertamina yang bekerja di Balikpapan. RSPB pada awal pendirian dikelola UP V Balikpapan. Mengingat bahwa Pertamina hanya akan bergerak pada bisnis intinya saja yaitu pengelolaan sumber daya minyak dan gas bumi, maka Pertamina melepaskan kegiatan-kegiatan yang tidak secara langsung berhubungan dengan bisnis inti tersebut. Pertamina bersama Yayasan Tabungan Pegawai Pertamina (berubah menjadi PT. Pertamina Saving Investment dan kemudian menjadi Pertamina Dana Ventura) mendirikan anak perusahaan untuk mengelola kegiatan pelayanan kesehatan berupa Rumah sakit, Poliklinik serta Akademi keperawatan yang dimilikinya dengan nama Perseroan Terbatas Rumah Sakit Pusat Pertamina (disingkat PT.RSPP). pada 21 Oktober 1997. Oleh karena itu, pada bulan April 1998 Pengelolaan RSPB diserahkan pada PT.RSPP. Th. 2002 tanggal 4 Juli 2002, PT. RSPP berganti nama menjadi PT. Pertamina Bina Medika (PT. Pertamedika). Dibawah pengelolaan Pertamedika, RS Pertamina Balikpapan telah berkembang menjadi Rumah Sakit pilihan masyarakat Balikpapan dan menjadi salah satu rumah sakit rujukan wilayah Kalimatan Timur dan Utara.
